针对普通放疗而言，质子治疗可减少对健康肝组织，腹腔，肾脏，十二指肠和脊髓的辐射剂量。这大大降低了诸如恶心，呕吐和腹泻等急性放射副作用的严重性。它最大程度地降低了肾脏损害（肾硬化-肾血管疾病）和所谓的肾性高血压（由于肾功能不全引起的血压升高）的可能性。它进一步降低了肝衰竭的风险。

　　质子疗法治疗肝细胞癌：
　　 它减少了对肝组织（肝实质）的剂量，从而大大降低了因肿瘤周围健康组织的照射而引起的肝衰竭和其他并发症的风险。
　　 它减少了腹腔，特别是小肠或十二指肠的剂量。它降低了诸如恶心和腹泻等急性放射副作用的严重性。在日本国癌症研究中心质子治疗的情况下，可以使用更高剂量的放射来实现更大的抗肿瘤作用，这就是所谓的剂量递增。
　　 它减少了肾脏，尤其是右肾的剂量。因此，质子治疗可以降低发生肾血管疾病（肾硬化）或肾性高血压（由肾功能不全引起的血压升高）的可能性。
　　 它还减少了对脊髓的辐射剂量。

　　质子治疗减少辐射导致的继发性肿瘤
　　继发性肿瘤（继发性恶性肿瘤）是最令人担忧，最广为人知的辐射晚期效应。可以通过减少对重要健康组织和器官的辐射剂量来预防它们，因此使用质子辐照是适当的。

　　质子治疗可最大程度地减少继发性肿瘤的发展
　　光子放疗会同时照射肿瘤本身（目标区域）和附近的健康组织。相比之下，由于笔形束扫描技术，质子治疗仅照射目标区域。这减少了向健康肿瘤区域的辐射量，并降低了并发症和后期副作用的风险。