食道外科师处理食道引起的肿瘤。食管癌的外科治疗一直是该科的主要临床和研究活动。特别是，该司正在努力建立微创手术，包括新辅助治疗，然后进行微创食管切除术。该部门正在进行一项研究，以确定手术在多模式治疗食管癌方面的作用，目的是胸腔镜食管切除术，包括胸腔镜食管切除术和腹腔镜重建术，成为标准的外科手术。
　　 常规活动
　　 食道外科由两名外科医生和四名居民组成。每周二晚上举行食道会议，讨论每位患者的诊断，分期和治疗策略，外科医生，肿瘤内科医生，内镜医师，放射科医师，放射肿瘤学家和头颈外科医生都会参加。每周约有四名患者接受手术。2014年，153名患者接受了食管切除术。对39例未治疗的病例进行了经胸淋巴结清扫术的经胸食管切除术。114例患者行俯卧位淋巴结清扫术的胸腔镜食管切除术。对于80岁以上患者或多发并发症患者，分为切除和重建的两阶段外科手术12例。
　　临床试验
　　目前，日本国立癌症研究中心正在研究胸腔镜食管切除术作为微创食管切除术的作用，该术包括胸腔镜食管切除术和腹腔镜重建术。对于没有根治性放化疗的患者，正在尝试对没有剖腹探查病史的患者进行根治性淋巴结清扫和腹腔镜重建术后俯卧位的胸腔镜食管切除术成为食管癌的标准外科手术。
　　 为了治疗80岁以上或高风险的患者，正在尝试分为切除和重建的两阶段外科手术。
　　 一项随机对照III期研究正在进行比较顺铂和5-氟尿嘧啶与顺铂和5-氟尿嘧啶加多西紫杉醇对顺铂和5-氟尿嘧啶并发放射作为局部晚期食管癌的新辅助治疗。
　　 一项针对胸部食管癌的微创与开放式食管切除术的随机对照III期研究（JCOG1409，MONET试验）正在进行中。
　　 自2000年以来，该司已开始为明确放化疗失败的患者进行抢救手术。手术程序和术后管理逐步完善。该司还在研究挽救手术在食管癌多模式治疗中的作用和疗效。